MOTS-CLEFS : Gene networks, RNA-seq, statistiques, R, données ‘omiques.

PRÉREQUIS : être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R.

OBJECTIFS :

Le module Interprétation de listes de gènes et réseaux de gènes vise à vous initier aux concepts et outils permettant de mieux interpréter biologiquement des listes d’intérêt de gènes, en particulier via l’utilisation d’annotations fonctionnelles et l’étude de réseaux de gènes.

PUBLIC CIBLÉ :

Ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires (master, …) des secteurs académique ou privé.

DATE ET LIEU :

22 et 23 janvier 2025 ; 9h00-17h30 ; pause déjeuner 13h00-14h00.

Agrocampus Ouest, 65 rue de saint Brieuc, Rennes.

PÉDAGOGIE :

La formation se veut équilibrée entre théorie et pratique, la pratique se faisant via l’analyse de données réelles.

FORMATEUR : Yuna Blum et Sandrine Lagarrigue.

TARIFS ET INSCRIPTION :

Cliquez ici pour connaître les tarifs et vous inscrire.

Tarifs préférentiels par rapport aux tarifs affichés selon convention (certaines Ecoles doctorales et centres INRA).

PROGRAMME :

1. Les bases d’annotations fonctionnelles :

• GO,
• KEGG,
• …

2.Interprétation biologique d’une liste de gènes :

• Méthode par test d’enrichissement sous R, David et String,
• Méthode GSEA sous R et interface GSEA.

3. Réseau de gènes : Méthodes utilisant les corrélations brutes :

• Méthode et package WGCNA.

4. Réseaux de gènes - méthodes utilisant les corrélations partielles :

• Corrélations partielles et modèles graphiques gaussiens.

5. Réseaux de gènes - outils de visualisation :

• Outils sous R,
• Cytoscape.