MOTS-CLEFS : NGS, RNA-seq, bio-informatique, R, données ‘omiques.

PRÉREQUIS : être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R.

OBJECTIFS :

Le module RNA-seq : Analyse statistique vise à vous initier aux traitements statistiques de données RNA-seq les plus courants après vous avoir donné une overview des potentialités de cette technologie.

PUBLIC CIBLÉ :

Ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires (master, …) des secteurs académique ou privé.

DATE ET LIEU :

20 et 21 janvier 2025 ; 9h00-17h30 ; pause déjeuner 13h00-14h00.

Agrocampus Ouest, 65 rue de saint Brieuc, Rennes.

PÉDAGOGIE :

La formation se veut équilibrée entre théorie et pratique, la pratique se faisant via l’analyse d’un jeu de données RNAseq réel à 2 facteurs et 2 modalités par facteur.

FORMATEURS : Andréa Rau, Yuna Blum et Sandrine Lagarrigue.

TARIFS ET INSCRIPTION :

Cliquez ici pour connaître les tarifs et vous inscrire.

Tarifs préférentiels par rapport aux tarifs affichés selon convention (certaines Ecoles doctorales et centres INRA).

PROGRAMME :

1. Overview des différentes utilisations et questions de recherche liées aux données de RNA-seq :

• Identification de nouveaux gènes/isoformes,
• Détection de polymorphisme,
• Analyse du polymorphisme conjointement à l’expression (editing, ASE, empreinte),
• Analyse de l’expression (focus du présent module).

2. Plan d’expériences

3. Exploration des données :

• Expression brutes,
• Normalisation RPKM et TPM.

4. Quels sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions analysées ?

• Normalisation,
• Analyse différentielle (EdgeR, DEseq2),
• Filtre des gènes dits non exprimés (HTSfilter),
• Correction pour les tests multiples.